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帝国の魔導工場、魔導研究所にはたくさんの幻獣が捕らえられていたが、いずれも命は風前の灯火で、ラムウが力を託したならと彼らも自らを魔石化し、戦士たちの力になる。魔石化という秘密を見た魔導研究所のシド博士とケフカ。
ケフカはセリスに対し「でかしたぞセリス将軍」とあたかもセリスが帝国からリターナーのスパイだったかのような口ぶりで話、ロックたちを困惑させる。その隙をつかれケフカ隊の襲撃に傷つき倒れたロックたちだったが、セリスは「私を信じて」と自らとケフカ隊もろともどこかへテレポートしてしまう。
残されたたシド博士とロックたちはエネルギーの逆流で自爆しそうな魔導研究所から脱出。シドは良心の呵責に苛まれ幻獣の研究から手を引くことと、この戦いのむなしさを皇帝へ訴えることを決意する。
セッツァーのアシストもあり、飛空艇で帝国を脱出。再びゾゾのティナの様子を見に向かう。ティナは意識を取り戻しており、ロックたちの持ち帰った魔石と反応。それはティナの父であるマディンの魔石だった。ティナは人間と幻獣のハーフだったのである。
暴走した力も少しならコントロールできると、ティナは戦線に復帰。ゾゾを離れ再びナルシェへと戻る。
帝国へ潜り込み、その軍事力と科学力を目の当たりにした戦士たちは幻獣の力を借りながら帝国と戦う作戦を考える。そのために幻獣の血を引くティナが人間界と幻獣界を隔たる壁、封魔壁へ向かい幻獣たちに呼びかけることに。封魔壁へたどり着く一行。しかし帝国も幻獣の力を求めティナたちの後をつけていた。
ティナが封魔壁の前につと、扉が吹っ飛ぶように開き多くの幻獣が勢いよく飛び出してきた。飛び出した幻獣たちは帝国首都ベクタを焼き尽くし、何処かへと飛び去った。途中、その暴走の被害に遭う飛空艇ブラックジャック。飛空艇は不時着し、戦士たちは壊滅したベクタへ徒歩で向かう。
ベクタは焼け野原となり、一行は帝国兵によって帝国城へ迎え入れられる。皇帝は戦意を失い、戦士たちに休戦協定と会食を申し出た。
会食のなかで、これまでの過ちと幻獣の恐ろしさを語るガストラ皇帝。ティナやリターナーの戦士たちの力を借りて幻獣たちの怒りを鎮めたいと懇願。ティナ、ロックは帝国のレオ将軍の部隊とともに、幻獣が飛び去った大三角島へ向かうこととなる。